蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

信号肽是是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链,长度约5-30个氨基酸;对应的mRNA序列,在起始密码子后,有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域,该氨基酸序列就被称为信号肽序列,它负责...

信号肽是是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链,长度约5-30个氨基酸;对应的mRNA序列,在起始密码子后,有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域,该氨基酸序列就被称为信号肽序列,它负责把蛋白质引导到细胞含不同膜结构的亚细胞器内。

今天我给大家介绍一款鉴定信号肽的在线软件,简单易用。

SignaIP简介

SignaIP是目前应用最广泛信号肽在线预测软件,目前SignaIP目前已经更新到5.0版本,不过小编不太喜欢最新版本的结果展示形式,仍在使用SignaIP4.1版本,结果信息展示更精准明了。

SignaIP4.1地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/ 。SignaIP4.1页面如下:

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SignaIP的使用

SignaIP使用很简单,首先是上传需要分析的蛋白序列,如下图,待分析的蛋白序列上传有两种方式:可在粘贴框中单条序列上传;也可以可以点击选择文件直接上传FASTA文件,每次上传最多提交2000个序列和200000个氨基酸,每条序列不超过6000个氨基酸。

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提交完蛋白序列,接下来进行一些简单设置,如下图,由于示例基因来源于动物,所以物种选择真核生物;D-cutoffvalues一般默认即可;结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS(矢量格式);输出格式一般选择Standard 和Long;Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域(TM regions),假如明确知道无跨膜区域,就选择不包括跨膜区域预测会更准确,其余选择第一个;分析区域可以自行设置,默认是前70个氨基酸,一般保持默认即可。

设置完成后,点击Submit即开始分析。

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SignaIP结果解读

下面即是SignaIP分析结果,其中有3个比较重要的打分介绍一下:

  1. C-score (raw cleavage site score):用来区分是否为剪切位点,最高峰值为剪切位点后的第一个氨基酸(即成熟蛋白的第一个氨基酸残基)

  2. S-score?(signal peptide score):用来区分相应位置是否为信号肽区域;

  3. Y-score?(combined cleavage site score):C-score和S-score的几何平均数,用于避免多个高分C-score值对结果的影响;

在分泌蛋白的预测结果中,NN法Signal peptide列中结果为yes或者NO,并根据C值、S值和Y值等给出潜在的剪切位点;图表右上角处有C值、S值和Y值的曲线颜色指示,图表中有各值的变化趋势曲线,如下图。

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  • 发表于 2022-01-19 22:17
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  • 分类:软件工具

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