cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序挖掘关键基因(hub gene)和子网络

    • cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法,包括:
      • Degree
      • Edge Percolated component
      • Maximum neighborhood component
      • Density of Maximum Neighborhood Component
      • Maximal Clique Centrality
      • six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)

2.插件下载与安装

在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中搜索cytoHubba插件,进行download

点击Apps-App Manager,点击install from file

attachments-2021-10-YkxuQWVj617226f5d6324.png找到cytoHubba的存放路径,打开之后就安装好了

3.cytoHubba插件使用

打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba

1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面

2、选target network择待分析的网络

3、点击calculate

4、点击Top,可根据自身课题需要,调整提取关键基因的数量

5、下方Closeness可下拉选择计算方法

6、Particular nodes:选择感兴趣的基因进行分析(一般是对整个网络分析的话,此项可以忽略)

5、点击左下方:显示最短的路径;显示出hub gene连接到的第一个节点;显示出最长的子网络)

6、右边的列表就显示关键基因的排名:颜色越深,证明分数越高,越显著

attachments-2021-10-XCJ3sh4E617229891afc3.png



  • 发表于 2021-10-22 11:06
  • 阅读 ( 5332 )
  • 分类:软件工具

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